ATAC测序的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术仅需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息,应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究,在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。
ATAC-seq主要实验流程首先是制备细胞悬液,然后裂解液裂解细胞获得细胞核,进一步使用Tn5转座酶酶切并纯化,最后回收DNA片段,对回收片段进行末端修复、3’端加A、连接测序接头,片段大小选择以及PCA扩增等步骤获得标准的高通量测序文库,使用Illumina测序平台进行测序。
原始测序Reads经过去接头和过滤低质量,获得Clean Reads。将Clean Reads与参考基因组序列进行比对,通过Reads在基因组上的比对位置信息,进行Peak calling,并进行motif预测、转录因子靶基因挖掘、差异Peak和Motif等分析。
动物组织(包括真菌)、植物组织(包括藻类)、冻存的细胞样品(基本覆盖全部物种)。
a) 细胞:>1×106
b) 动物组织:>50 mg
c) 植物组织:>500 mg