单细胞转录组测序(Single cell RNA sequencing)是在单细胞水平对转录组进行测序的一项新技术,可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。
10 X Genomics单细胞转录组测序平台利用微流控、油滴包裹和Barcode标记等技术来实现高通量的细胞捕获技术,能够一次性分离、并标记500–10000个单细胞,从而获得每个细胞的3’端的转录组信息。具有细胞通量高、建库成本低、捕获周期短等优势。该技术主要用于细胞分型和标记因子的鉴定,从而实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因表达差异的检测,此外该技术还可以预测细胞分化与研究发育轨迹,在各种疾病及组织、器官、发育研究中已作为常规技术发挥越来越重要的作用。
疾病分型:发现发生异常增殖或主要调控的细胞类型,探索发现新的疾病机制;
肿瘤异质性:肿瘤细胞异质性研究、细胞分群以及新类型细胞发现,寻找新致病途径和机制;
人类细胞图谱构建:人体组织不同群细胞中的运作机制以及各细胞群体如何协同工作;
免疫方向研究:鉴定新的免疫细胞类型,深层次挖掘免疫细胞及免疫反应分子机理;
发育生物学:可以细胞不同亚型的特征进行研究,构建细胞谱系,预测分化方向;
干细胞发育及分化:寻找不同类型干细胞特异性标记,解析干细胞发育分化非分子机理。
细胞总数:细胞悬液,一个样本细胞起 始量约2.0 x 105个;
质量要求:细胞活性大于85%,理想浓 度约为1000个/ul;
细胞培养基及缓冲液不能含有Ca2+和Mg2+等影响酶活性的物质。
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
文章简述:整合高维多组学方法来描述人皮肤鳞状细胞癌特征,确定了肿瘤特异性角化细胞群体以及肿瘤前沿的免疫浸润和异质性。