产品概述

Hi-C技术是将染色质构象捕获与高通量测序结合的一种新技术。 该技术将线性距离远、 空间结构近的DNA片段进行交联富集后Pair-end测序, 通过对测序数据分析即可揭示染色质的各DNA各区段的交互作用,从而推导出基因组的三维空间结构和基因之间可能的调控关系。

HI-C特点

90%挂载到染色体
不需要借助群体数据
相对遗传图既省时又省力
智能的自动排图算法

技术原理

Hi-C建库测序实验采用Hi-C的类型是in situ Hi‐C,主要包括细胞交联、内切酶酶切、末端修复、环化、DNA纯化及捕获和二代上机测序等步骤。

分析内容

Hi-C辅助基因组组装优势

1、Hi-C无需群体,单一个体就能实现染色体定位

很多物种都无法构建遗传群体,包括大部分高等动物、野生动植物、林木、果树等等。Hi-C是通过染色体上空间距离、线性距离的不同而导致的交互频率的不同来完成染色体的定位,所以不需要构建群体。

2、标记密度更大,序列定位更完整

相比遗传图谱,染色质之间的交互频率具有更高的标记密度,如此高密度的图谱不仅可以挂载上长的Scaffold,较短的Scaffold也可以被定位,所以通过Hi-C技术,一般可以将90%以上基因组序列定位到染色体。

3、可以对已组装的基因组进行纠错

通过Scaffold间的交互频率大小,可以对已组装的基因组序列进行纠错。

应用方向

HI-C辅助基因组组装
HI-C染色质结构变异检测
HI-C染色质互作研究

结果展示

Hi-C辅助陆地棉与海岛棉基因组染色体水平组装

Hi-C辅助陆地棉与海岛棉基因组染色体水平组装


Hi-C辅助陆地棉染色体结构变异检测

Hi-C辅助陆地棉染色体结构变异检测


Hi-C辅助TAD结构研究

Hi-C辅助TAD结构研究

样本要求

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