产品概述

空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA，从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达。细胞在组织内的物理位置是决定其分子特性的关键因素。

应用方向

肿瘤学：肿瘤微环境；肿瘤异质性；疾病进展；肿瘤形态；肿瘤浸润淋巴细胞
免疫学：免疫细胞浸润；免疫细胞表达特征；免疫群体的扩散
生长发育：器官发育图谱；发现组织背景与形态形成有关的基因
神经科学：绘制大脑各个细胞层；区分正常和患病大脑的解剖特征
病理学：增加基因表达信息判断形态学结论

技术原理

1、对新鲜冷冻组织进行切片，并进行成像。
2、将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化（使细胞中的mRNA得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息）。
3、以捕获的RNA为模板进行cDNA合成和测序文库制备。
4、对制备好的文库进行测序。
5、数据可视化分析（确定哪些基因得到表达，基因表达量，以及这些基因的空间位置信息）。

技术特点

通过分析同一组织切片的组织学特征和 mRNA空间表达情况，可以发现新的组织生物标志物；
通过转录组分析，可以揭示新发现的细胞流行、细胞状态和生物标志物的空间排布；
通过于预先设计的靶基因组合，可以验证之前发现的结果，或关注所有与靶基因相关的基因；
阐明生物学结构，并了解正常组织和病理组织中细胞之间的空间关系；
分析并了解基因表达的空间异质性，等等。

小鼠肾脏空间转录组的mRNA表达及聚类

A代表组织切片的HE染色。B和C分别代表UMI计数和总基因计数与组织空间位置的图像叠加。D代表基于总体差异表达基因的空间聚类结果，最右边显示了cluster2排名前10的特异表达基因。E、F、G、H分别代表了不同基因的空间mRNA表达。

小鼠大脑空间分辨率的基因表达

A代表组织切片的HE染色。B和C分别代表海马组织的标记基因Tmsb4x和Selenow基因的空间表达情况，结果显示这两个基因在海马体中显著高表达，符合已知的基因表达模式

样本类型

人：脑、乳腺、乳腺*、心脏、肾脏、大肠、肺、肺*、淋巴结、卵巢、脾、脊髓
小鼠：脑、眼睛、心脏、肾脏、大肠、肝、肺、嗅球、卵巢、四头肌、小肠、脾、胃、睾丸、甲状腺、舌
大鼠：脑、心脏、肾脏、嗅球

样本要求

  • 样品份数：对于同一来源的样品，云序生物建议寄送3份，其中一份用于常规 RNA 提取质检，一份用于实际的空间转录组实验，一份留作备用。

  • 样品量：每份样品须小于 6.5mm x 6.5mm x 6.5mm，相当于大约一颗绿豆大小。请勿提供过大或过小的样品，因为样品过大将造成制片困难，无法在单一矩形捕获区域中涵盖整个样品切片；样品过小将造成捕获区域的浪费，且可能导致常规RNA 质检用量不足。

  • 样本运输与保藏：因新鲜组织运送要求高，建议客户做到冷冻组织-OCT 包埋后干冰运输送样。

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