产品概述
空间转录组是从空间层面上解析RNA-seq数据的技术,从而解析单个组织切片中的所有mRNA,从而能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达。细胞在组织内的物理位置是决定其分子特性的关键因素。
应用方向
- 肿瘤学:肿瘤微环境;肿瘤异质性;疾病进展;肿瘤形态;肿瘤浸润淋巴细胞
- 免疫学:免疫细胞浸润;免疫细胞表达特征;免疫群体的扩散
- 生长发育:器官发育图谱;发现组织背景与形态形成有关的基因
- 神经科学:绘制大脑各个细胞层;区分正常和患病大脑的解剖特征
- 病理学:增加基因表达信息判断形态学结论
技术特点
- 通过分析同一组织切片的组织学特征和 mRNA空间表达情况,可以发现新的组织生物标志物;
- 通过转录组分析,可以揭示新发现的细胞流行、细胞状态和生物标志物的空间排布;
- 通过于预先设计的靶基因组合,可以验证之前发现的结果,或关注所有与靶基因相关的基因;
- 阐明生物学结构,并了解正常组织和病理组织中细胞之间的空间关系;
- 分析并了解基因表达的空间异质性,等等。
样本类型
- 人:脑、乳腺、乳腺*、心脏、肾脏、大肠、肺、肺*、淋巴结、卵巢、脾、脊髓
- 小鼠:脑、眼睛、心脏、肾脏、大肠、肝、肺、嗅球、卵巢、四头肌、小肠、脾、胃、睾丸、甲状腺、舌
- 大鼠:脑、心脏、肾脏、嗅球
样本要求
- 样品份数:对于同一来源的样品,云序生物建议寄送3份,其中一份用于常规 RNA 提取质检,一份用于实际的空间转录组实验,一份留作备用。
- 样品量:每份样品须小于 6.5mm x 6.5mm x 6.5mm,相当于大约一颗绿豆大小。请勿提供过大或过小的样品,因为样品过大将造成制片困难,无法在单一矩形捕获区域中涵盖整个样品切片;样品过小将造成捕获区域的浪费,且可能导致常规RNA 质检用量不足。
- 样本运输与保藏:因新鲜组织运送要求高,建议客户做到冷冻组织-OCT 包埋后干冰运输送样。